En su estructura actual, la RDAF está dividida en tres áreas de responsabilidad: Ala de Transporte Aéreo (ATW) situada en la Base Aérea de Aalborg en el norte de Jutlandia, Ala de Helicópteros (HW) situada en la Base Aérea de Karup en el centro de Jutlandia, y Ala de Caza (FW) Skrydstrup situada en el sur de Jutlandia. La RDAF también opera una flota de seis F-35A en la Base Aérea Luke (AFB) de Arizona.
En cada una de las tres bases, una serie de unidades y escuadrones especializados proporcionan un apoyo clave a las operaciones de los aviones y helicópteros en la base específica. Entre ellos se incluyen tripulaciones de tierra, planificadores de misiones, equipos especializados en la preparación de zonas de aterrizaje fuera de la base y muchos otros.
