Antes del estallido de la guerra, la Versuchsstelle für Höhenflüge se formó en Oranienburg bajo la dirección del Oberst Theodor Rowehl. Con cuatro Cóndores, debía llevar a cabo misiones de reconocimiento aeronaval de largo alcance desde Alemania, especialmente hasta Scapa Flow. El prototipo Fw 200 B-1 fue desviado de su entrega a Deutsche Lufthansa durante septiembre de 1939 y equipado con dos cámaras, junto con armamento defensivo consistente en una ametralladora MG 15 montada dorsalmente en el fuselaje central, una posición ventral con dos MG 15, y otras dos armas de este tipo montadas en las ventanillas. Los depósitos de combustible adicionales en el interior del fuselaje aumentaban su autonomía a 5.000 km. Entregado a Rowehl el 14 de noviembre de 1939, sólo nueve días después se convirtió en la primera baja militar de un Cóndor. Al despegar de Jever, en el norte de Alemania, en su primera misión de reconocimiento a Islandia y las Islas Feroe, fallaron los dos motores de estribor y el avión sufrió graves daños en el aterrizaje forzoso, aunque la tripulación resultó ilesa.
Algunos empezaron a defender el uso